Hallo, man kann eine Eröffnungsbilanz durchaus ohne Steuernummer übermitteln (man gibt dann nur das Finanzamt an, an das die eBilanz gehen soll) - das ist auch im Programm realisiert.
Es ist nur so, dass E-Mail-Zertifikate nicht für die Übermittlung von etwas anderem als diesem Erfassungsbogen zugelassen sind. Auf der anderen Seite muss die Übermittlung gar nicht mit einem auf das Unternehmen ausgestellten Zertifikat erfolgen - jedes x-beliebige (Nicht-E-Mail-)Zertifikat ist dazu tauglich!
Sie haben doch bestimmt von Ihrer privaten Einkommensteuererklärung bereits ein eigenes ELSTER-Zertifikat - nehmen Sie halt das. Oder das Ihres Ehepartners, Ihres Onkels oder Ihres Nachbarn - es ist wirklich vollkommen egal

Das Zertifikat gibt nur an, wer's übermittelt hat - weiter nichts.
Sie können aber auch einfach auf die Zuteilung einer Steuernummer für die UG warten. Die Zuteilung wird ausgelöst, indem Sie diesen Erfassungsfragebogen abgeschickt haben (das ging ja mit dem E-Mail-Zertifikat). Sobald Sie die Steuernummer zugeteilt bekommen haben (das kommt schriftlich per Post), können Sie (jedenfalls in den meisten Bundesländern, soviel ich weiß) das E-Mail-Zertifikat auf der Mein-Elster-Website zu einem vollwertigen Zertifikat "upgraden" und damit die Eröffnungsbilanz übermitteln. Vorher will das Finanzamt die sowieso nicht.
Und: Eine notarielle Beurkundungspflicht einer Eröffnungsbilanz gibt es nicht.